Woutertje Pieterse is geen roman, ook geen afgerond verhaal, maar het bestaat uit episodes uit het leven van een uiterst gevoelig kind van een jaar of twaalf, dertien. Woutertje Pieterse is de eerste gecompliceerde kinderheld in de Nederlandse literatuur. Hij wil voldoen aan de verwachtingen van zijn omgeving, maar hij begrijpt niet hoe dat moet, omdat er zoveel tegenstrijdigs van hem verwacht wordt.

Woutertje Pieterse wil wel leren, maar hij heeft de verkeerde meester getroffen die alleen maar classificeert. Hij wil wel godsdienstig zijn, maar de dominee kan hem niet uitleggen hoe hij de bijbel moet lezen. Het is duidelijk dat Wouter een toekomstig kunstenaar is, die bezig is zich te ontworstelen aan zijn bekrompen omgeving. Zijn kunstenaarsziel ontwaakt door de lectuur van een avonturenroman, die zijn verbeelding aan de gang zet. Daarna begint hij zelf te schrijven. In zijn milieu is dat totaal ongepast.

Multatuli laat zien hoe beklemmend een fantasieloze omgeving voor een kind is. Daardoor is de boodschap van Woutertje Pieterse juist tegengesteld aan die van de meeste kinderboeken uit de negentiende eeuw. De schrijver betwijfelt kennis, maakt godsdienst belachelijk, en predikt geen aanpassen aan een gezin of andere gemeenschap.