Het verhaal is opgezet als klassieke raamvertelling. Een oude pater moet zich op een ochtend bij de abt van het klooster vervoegen. Daar krijgt hij inzage in een doos met de nalatenschap van Clemens Driessen, een jonggestorven leerling-priester die onder nooit opgehelderde omstandigheden om het leven is gekomen. Hij trekt zich terug in zijn kloostercel om het leven van deze Clemens op schrift te stellen.

Van Dierendonck bouwt de spanning behendig op en vertelt hoe de kleine jongen geïmponeerd raakt van de grandeur van de kathedraal waar zijn vader hem mee naartoe neemt. Als zijn vader hem tussen neus en lippen door wijs maakt dat Jezus door het eten van de hostie in zijn hartje glijdt en daar blijft zitten tot de eerste zonde, verandert zijn leven in een uitputtende wedstrijd van niet-zondigen.

Hij zondert zich af van leeftijdsgenoten en houdt zijn vroomheid verborgen – zo draait hij Maria-liedjes op zijn Walkman en heeft in zijn broekzak een rozenkrans. Het enige meisje waar hij straalverliefd op wordt laat hij lopen vanwege zijn roeping. Clemens is vast van plan Jezus zo lang mogelijk vast te houden, maar het noodlot slaat toe en zijn vader sterft bij het gezamenlijke hardlopen.

Hij schrijft zich in bij het seminarie maar ook daar gaat het mis. Clemens wordt aangerand door een medestudent, terwijl zijn begeleiders niets doen. Hij voelt zich vervreemd van het kerkvolk dat nauwelijks weet waar het in gelooft maar wel de hostie wil ontvangen die hij als priester uitdeelt. Hij moet meningen verkondigen zonder er achter te staan. Hij voelt zich een acteur.

En tot overmaat van ramp blijkt hij overgevoeligheid voor gluten te hebben: ‘Stel je voor: ik ben ziek. Ziek van het heilige brood. Ziek van God’. De kerk komt na lang aandringen met een schijnoplossing: glutenarme hosties. Die maken hem nog steeds ziek, maar dat moet hij maar over hebben voor het geloof. Uiteindelijk kiest Clemens voor een vroegtijdige dood, maar hij blijft in zijn donkerste uur nog aan anderen denken. En het regende brood is een boek dat indringende vragen stelt over de rol die we godsdienst in het leven geven, en laat zien hoe het strikt naleven van de regels tot resultaat heeft dat we onszelf niet vinden maar juist kwijtraken.